手数料の清算ルールにより、手数料のための運用商品の売却の結果、所定の手数料額より高い金額で売却が成立した場合には運営管理機関手数料の徴収が行われます。


運用指図者の方、加入者であっても掛金の引落がなかった方の場合、口座管理手数料は保有される各運用商品を手数料相当分売却し、現金化することで徴収しています。売却数量を確定する基準日と売却の約定日が同一日ではないため解約価額の変動の影響を受けることなどにより、実際の売却額と所定の手数料に差額が生じることがあります。

所定の手数料額より高い金額で売却が成立した場合は、成立した金額はまず事務委託先金融機関手数料に充当され、それでもなお残額がある場合には全て運営管理機関手数料として徴収することで清算が終了いたします。（過剰分の返却は行いません。）
＜例＞
事務委託先金融機関手数料66円を徴収するため売却した結果、67円で成立
⇒事務委託先金融機関手数料として66円を徴収し、運営管理機関手数料として1円を徴収し、手数料清算が終了

また、所定の手数料額より低い金額で売却が成立した場合は、成立した金額の徴収をもって手数料清算が終了します。（不足分の再度の売却は行いません。）
＜例＞
事務委託先金融機関手数料66円を徴収するため売却した結果、64円で成立
⇒事務委託先金融機関手数料として64円を徴収して手数料清算が終了


このような手数料清算ルールのため、運営管理機関手数料が0円と定められている場合でも運営管理機関手数料が徴収されることがあります。